این آزمایشگاه در کنار آزمایشگاه سنگ شناسی واقع شده است و در آن دروس عملی واحدهای ماکروفسیل و میکروفسیل در سطوح مختلف آموزشی برگزار می گردد. این آزمایشگاه مجهز به ۱۰ دستگاه میکروسکوپ، نمونه های میکرو و ماکرو فسیل، ماکت های آموزشی و مقاطع نازک می باشد و همچنین در آن کار دترمینه (جدا کردن) میکروفسیل ها از رسوبات انجام می شود.