دانشگاه سيستان و بلوچستان به‌عنوان دانشگاه جامع و قطب علمي منطقه جنوب شرق كشور در سال ۱۳۵۳ در شهر زاهدان آغاز به کار نمود. در این سال، هم‌زمان با پذیرش دانشجوی روزانه از طریق کنکور سراسری، دانشگاه از طریق موافقت‌نامه‌های آموزشی با سازمان‌های دولتی نیز مبادرت به جذب دانشجو شهریه پرداز ‌نمود. در سال ۱۳۶۹ با پذیرش دانشجویان شبانه از طریق کنکور سراسری، واحدی به نام آموزش شبانه در دانشگاه شکل گرفت که موارد آموزشی و امور مربوط به شهریه دانشجویان کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری شبانه به این واحد واگذار گردید. در سال ۱۳۸۳ با تشکیل حوزه ای به نام امور مالی شبانه، امور مربوط به شهریه دانشجویان شبانه و شهریه پرداز به این حوزه محول گردید و حوزه آموزش شبانه با واحد آموزش روزانه ادغام گردید. در سال ۱۳۸۷ دانشگاه سیستان و بلوچستان به‌عنوان اولین دانشگاه کشور با راه‌اندازی واحد بین‌المللی چابهار و پذیرش دانشجو از داخل و خارج از کشور در این واحد بین‌المللی، استفاده از اساتید باتجربه ایرانی و خارجی و برگزاری کلاس‌های آموزشی در مقطع کارشناسی ارشد و دکتری به زبان فارسی و انگلیسی، توانست به ايفاي نقش در سطح ملی و بین‌المللی بپردازد. در سال ۱۳۹۰ دانشگاه سیستان و بلوچستان، با اخذ مجوزهای لازم از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، مبادرت به راه‌اندازی پرديس شماره ۲ زاهدان در شهرستان زاهدان باهدف تجاری‌سازی علم و تبديل ايده به پديده، و تربيت دانش‌آموختگانی با توانمندي لازم براي ادامه تحصيل نمود. در اين واحد پذيرش دانشجو از داخل كشور، از میان داوطلبان کنکور سراسری ارشد و دکتری صورت می‌پذیرد. در سال ۱۳۹۱ با شکل‌گیری مرکز آموزش‌های آزاد در دانشگاه سیستان و بلوچستان، امور آموزشی پردیس‌های بین‌المللی چابهار، زاهدان و واحد مجازی (الکترونیکی) و امور مالی واحد شبانه به این واحد محول گردید.