افتتاح دانشگاه سیستان و بلوچستان در سال 1354با اولین رشته  مهندسی عمران آغاز گردید. پس از آن، دانشكده مهندسی شهید نیکبخت با تاسيس 3 گروه در سالهاي 1355 (مهندسي برق و الكترونيك)، 1356 (مهندسي مكانيك) و 1357 (مهندسي شيمي) به سرعت گسترش يافت.

...

با تامین زیر ساختهای آموزشي، آزمايشگاهي و كارگاهي دانشكده و جذب اعضای بیشتر بعنوان هیئت علمی و کارمند، پنجمين گروه آموزشي مهندسي مواد نیز در سال 1377 با پذيرش دانشجو در مقطع كارداني مهندسي مواد شروع به فعاليت نمود. در نتيجه تلاش كادر هيئت علمي و دانشجويان در سال 1381 سطح آموزشي اين گروه به كارشناسي در مهندسي مواد و متالورژي ارتقا يافت.

دو گروه آموزشي ديگر، مهندسي معدن و صنايع مي باشند كه در سال 1384 با قبول دانشجو در دوره كارشناسي تاسيس گرديدند .

 دانشكده مهندسي شهيد نيكبخت براي اولين بار برنامه پذیرش دانشجو در تحصیلات تکمیلی را درگروه مهندسي شيمي در سال 1368 و بعد از مدتي كوتاه در گروه هاي  مهندسي مكانيك و مهندسي عمران به اجرا گذاشت.

در حال حاضر با فعالیتهای مداوم اعضا دانشکده مهندسی، در 3 گروه مهندسي شيمي، مهندسي مكانيك و مهندسي عمران در مقاطع کارشناسی، كارشناسي ارشد و دكتري، و در گروه مهندسي مواد و صنایع در مقاطع كارشناسي و کارشناسی ارشد  بیش از 2000  دانشجو مشغول به تحصيل مي باشند.