نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاهها حسب عنايت و دستور حضرت آيت‌الله خامنه‌اي (مدظله العالي) با هدفي متعالي و در راستاي ايجاد دانشگاه مؤمن و متعبد به هدايت الهي و در راستاي تبيين ارزشهاي اسلامي و تعميق آگاهيهاي ديني و اعتقادي دانشجويان و دانشگاهيان و بر اساس مصوبة نهايي اسفندماه سال ۱۳۷۲ شوراي عالي انقلاب فرهنگي مبني بر ايجاد سازماني جديد براي تحقق منويات معظم له، بر اساس اهداف و وظايف معين تشكيل گرديد كه در كلية دانشگاهها و مراكز آموزش عالي به انجام وظايف مصرح در اساسنامه مي‌پردازد.
نهاد نمايندگي در دانشگاهها در جهت نيل به اين اهداف و وظايف الهي دو اصل مهم و اساسي را فراروي خود قرار داده است :
۱ـ تأكيد و تلاش جدي بر حركت‌هاي زيربنايي و عميق فرهنگي در راستاي رشد و توسعه انديشه‌ها و آگاهيهاي ديني و اسلامي دانشجويان و دانشگاهيان.
۲ـ ايجاد و تقويت روحيه تحرك و مشاركت فعال دانشجويان و دانشگاهيان در عرصه فعاليتهاي سياسي، اجتماعي و فرهنگي در سطح جامعه و دانشگاهها.
بر همين اساس نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاهها با اهتمام و جديت تمام نسبت به برنامه‌ريزي و ايجاد هماهنگي و ارتباط با نهادها و تشكل‌هاي دانشجويي اقدام نموده و در جهت ايجاد ارتباط با اساتيد و نيروهاي فرهنگي و مذهبي گامهاي مؤثري برداشته است.