بخش مرجع کتابخانه مرکزی به‌ عنوان یک بخش تحقیقاتی دارای منابع غنی و متنوعی در زمینه موضوعات مختلف می‌باشد. تهیه و تدارک اطلاعات عمومی و تخصصی، کمک به مراجعین برای استفاده از منابع مرجع و آموزش انفرادی دانشجویان برای استفاده از منابع مرجع از مهم‌ترین فعالیت‌های این بخش می‌باشد.
این بخش در طبقه اول ساختمان کتابخانه مرکزی واقع‌شده است و دارای کتب مرجع عمومی و تخصصی می باشد. اطلاعات کتابشناختی مربوط به این منابع از طریق نرم‌افزار جامع کتابخانه (سیمرغ) قابل بازیابی است. این بخش به‌صورت قفسه باز اداره می‌شود و منابع موجود در آن امانت‌داده نمی‌شود و مراجعین تنها می‌توانند از منابع در همان مکان استفاده نمایند، این منابع با ساختار عموماً الفبایی مانند: دایره المعارف ها، فرهنگ ها، کتابشناسی ها، زندگینامه ها، چکیده نامه ها و ...  می باشند.
از جمله فعالیت‌هایی که در این بخش انجام می‌گیرد عبارت‌اند از:
1-    تهیه و تدارک اطلاعات عمومی و تخصصی
2-    کمک به مراجعین در استفاده از منابع مرجع
3-    قفسه آرایی و مرتب‌سازی و حفظ و نگهداری مجموعه مرجع
4-    تفکیک منابعی که احتیاج به صحافی و مرمت دارد و ارسال آن‌ها به بخش آماده‌سازی
5-    پاسخگویی به سؤالات مرجع مراجعین
6-    شناسایی منابع مرجع جدید و پیشنهاد برای خرید آن‌ها.