مرتضی خاقانی اولین دانشجوی دکتری در رشته فیزیک گرایش هسته ای از رساله دکتری خود با عنوان "نابودی پوزیتروم در حفره ها وتوسعه رابطه بین طول عمر پوزیترونیوم واندازه حفره " با راهنمایی دکتر علی اکبر مهماندوست خواجه دفاع نمود.
جلسه دفاع ايشان عصر روز پنجشنبه 20 مهرماه با داورى پروفسور حمیدرضا مشفق و دکتر مسعود مهجور شفیعی اساتید دانشگاه تهران ودکتر مجيد رشيدى هويه و دکتر وحید دهقانی اساتيد دانشگاه سيستان و بلوچستان برگزار شد.
در پايان، دفاع از اين رساله با درجه بسیارخوب به پايان رسيد