انجمن "جغرافیا و برنامه‌ریزی مناطق مرزی ایران" به پیشنهاد آقای دکتر عیسی ابراهیم زاده، استاد جغرافیا و برنامه ریزی شهری- منطقه ای دانشگاه سیستان و بلوچستان و مشورت تعدادی از سایر اعضای هیات علمی دانشگاههای کشور، در سال ۱۳۹۱مطرح گردید. هدف از اساس نیاز به شکل گیری این انجمن علمی، عمدتا به‌منظور گسترش و پيشبرد و ارتقاي علمي برنامه ریزی مناطق مرزی و توسعه كيفي نيروهاي متخصص و بهبود بخشيدن به امور آموزشي و پژوهشي در زمينه‌هاي مربوطه، همچنین انجام تحقيقات علمي، پژوهشی، اقتصادی، فرهنگي و اجتماعی در سطح ملي و بين‌المللي با همکاری محققان و متخصصاني كه به گونه‌اي با علم جغرافیا و برنامه ریزی مناطق مرزی و علوم مشابه سر و كار دارند و ترغيب و تشويق پژوهشگران و تجليل از محققان و استادان ممتاز؛ در عین حال همكاري با نهادهاي اجرايي، علمي و پژوهشي در زمينه ارزيابي و بازنگري و اجراي طرح‌ها و برنامه‌هاي مربوط به امور آموزش و پژوهش در زمينه های علمي موضوع فعاليت انجمن. بمنظور تحقق اهداف فوق ۱۶ تن از اعضای هیات موسس در سال ۱۳۹۲ اقدام به تنظیم تقاضانامه جهت ارسال به دبیرخانه کمیسیون های علمی کشور نموده و سپس سایر فرم ها و مدارک مربوطه را تهیه و تکمیل و به این کمیسیون ارسال نمودند. پس از پیگیری های متعدد نهایتا بر اساس آیین نامه نحوه تشکیل و صدور مجوز تاسیس انجمن های علمی مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی، در جلسه مورخ ۲۰/۵/۱۳۹۳ موضوع درکمیسیون انجمنهای علمی ایران مطرح و با تاسیس آن موافقت به عمل آمد. بدنبال آن این انجمن اقدام به عضوگیری و سپس تشکیل اولین مجمع عموعی در سال ۱۳۹۴ نمود و با انتخاب هیات مدیره و تصویب اساسنامه و خط و مشی های انجمن در آن مجمع، اقدام به پیگیری اخذ پروانه تاسیس از کمیسیون انجمن های علمی ایران نمود که خوشبختانه در تاریخ ۲۴/۵/۱۳۹۴ پروانه تاسیس را نیز از کمیسیون انجمن های علمی ایران دریافت و نهایتا اقدام به ثبت این انجمن در اداره ثبت شرکت ها نمود، که بالاخره در تاریخ ۱۲/۱۲/۱۳۹۴ تحت شماره ۳۹۴ موفق به ثبت آن در ادارۀ ثبت شرکت ها و موسسات غیرتجاری نیزگردید. سپس این انجمن با توجه به جایگاه و اهداف ملی که در اساسنامه آمده و خود را موظف به تحقق آن می داند، اقدام به تاسیس دفاتر منطقه‌ای در استان های مرزی کشور نمود. بدین منظور موفق به تاسیس ۵ دفتر منطقه ای در شهرهای تهران، مشهد، ارومیه، اهواز و بوشهر گردید و روسای هر یک از این دفاتر نیز در هیات مدیر مطرح و منصوب گردیدند. در عین حال بمنظور بسط و گسترش فعالیت های انجمن، اقدام به عقد قراردادهای همکاری با مراکز علمی و پژوهشی کشور نمود که تاکنون موفق به تنظم و عقد قرارداد و تفاهم نامه همکاری های علمی، آموزشی، پژوهشی، اجرایی و مشاوره ای با "پژوهشگاه علوم انتظامی و مطالعات اجتماعی کشور"، "مرکز تحقیقات راهبردی دفاعی کشور"، "سازمان جغرافیایی نیروهای مسلح کشور" و "سازمان بسیج اساتید کشور"، گردیده و این تفاهم نامه ها به امضا طرفین رسیده است. امید است گسترش فعالیت های علمی و پژوهشی این انجمن گامی موثر در جهت توسعه و امنیت و آمایش مناطق مرزی ایران برداشته شود.
کمیته پذیرش این انجمن، ضمن تعیین نمایندگان انجمن در دانشگاهها، در همان سال ۱۳۹۴ موفق به جذب بیش از ۱۲۰ نفر از اساتید، فارغ التحصیلان و دانشجویان مقطع دکتری وکارشناسی ارشد رشته های جغرافیا و سایر رشته های وابسته در بعنوان عضویت پیوسته گردید و پس از آن نیز عضوگیری کماکان ادامه دارد و صدها نفر از اساتید، صاحب نظران و دانشجویان دکتری و کارشناسی ارشد به این انجمن پیوسته اند. با توجه به جدید التأسیس بودن انجمن، هیأت مدیره، تاکنون طی برگزاری ۳ جلسه اقدام به تعیین خط مشی ها و سیاست های کلی و نیز انجام امور مربوط به اعضای هیأت مدیره نموده است. لازم به ذکر است فعالیت انجمن مذکور بر اساس اساسنامه مصوب کمیسیون انجمن های علمی می باشد.