دانشگاه سيستان و بلوچستان فعاليت خود را با تاسيس رشته راه و ساختمان در قالب دانشکده فنی و مهندسی در سال 1353 در شهر زاهدان آغاز نمود و به ترتيب در سالهاي 1356 و 1368 دانشكده دريانوردي چابهار و آموزشکده كشاورزي زابل در اين دانشگاه تاسيس گرديد. در سال 1370 بر اساس مصوبه شوراي گسترش آموزش عالي ، دانشسراي عالي زاهدان با اين دانشگاه ادغام گرديد. درسال هاي1377 دانشگاه زابل، 1382 دانشگاه دريانوردي و علوم دريايي چابهار ، 1387 دانشگاه ولايت ايرانشهر و در سال 1390مرکز آموزش عالی سراوان پس از كسب شاخص هاي لازم از پيكره دانشگاه سيستان و بلوچستان جدا شدند و در قالب دانشگاه هاي مذكور به طور مستقل فعاليت خود را ادامه دادند.
دانشگاه سيستان و بلوچستان بعنوان دانشگاه مادر درسال 1384 در منطقه سيستان و بلوچستان توانست با احراز شاخص هاي لازم به جرگه دانشگاه هاي توسعه يافته كشور بپيوندد و از نظر تشكيلاتي در رديف دانشگاههاي رتبه الف كشور قرار گيرد. در ادامه اين دانشگاه موفق به ايجاد هيات امناء و هيات مميزه مستقل گرديد. هم اينك پس از گذشت 43 سال از تاسيس، اين دانشگاه دارای بيش از 12870 دانشجو در17 دانشكده مصوب و 14 دانشکده فعال و همچنین 70 گروه آموزشی با 295رشته گرايش مي باشد.در سال 1386 با تأسيس واحد بين المللي در چابهار و در سال 1390 با تاسيس پرديس شماره 2 زاهدان فصل ديگري از فعاليت هاي دانشگاه در خصوص گسترش دوره هاي تحصيلات تكميلي و تبادل دانش با دانشگاه هاي معتبربين المللي گشوده شد.
به عنوان بخشی از فعاليت هاي مهم دانشگاه در دو سال گذشته می توان از ارتباطات علمي و مستمر با دانشگاه هاي معتبر جهان، برگزاري چندين سمينار علمي بين المللي، برگزاري دوره هاي مشترك تحصيلي با مراکز آموزشی و پژوهشی طرف قرارداد دانشگاه، استفاده از تجهيزات مدرن آموزشي و كمك آموزشي، راه اندازي مجلات علمي با رتبه ISI ومقالات علمي پژوهشي و علمي ترويجي به عنوان يك پديده استثنائي ياد نمود و قابل ذكر است هم اكنون تعداد 22 مجله علمی در دانشگاه منتشر می شود که از این میان 7 مجله از مجموعه مجلات علمي دانشگاه به صورت بين المللي و به زبان انگليسي می باشد. همچنین 6 نشریه علمی تخصصی جدید در حال انجام پروسه چاپ اولین شماره خود هستند.تلاش گسترده و فراگير براي حرکت به سمت کارآفرینی در دانشگاه، ايجاد روحيه نشاط و سرزندگي و تلاش و خلاقيت در ميان اساتيد، كاركنان و دانشجويان از طريق احداث پارك ها، فضاهاي تفريحي، سالن هاي اجتماعات و اجراي برنامه هاي متنوع فرهنگي و هنري و مذهبي و ورزشي، فراهم آوردن بهترين امكانات ورزشي و سالن هاي تندرستي، احداث و تجهيز سالنها و مجموعه هاي برگزاري مراسم و همايش هاي علمي، فرهنگي و مذهبي كه در ميان دانشگاه هاي كشور منحصر به فرد مي باشد، يكي از مهمترين شاخص ها این دانشگاه به شمار مي رود.
از دیگر پتانسیل ها و اقدامات دانشگاه می توان به احداث آزمايشگاه هاي مجهز و مدرن، راه اندازي آموزشهاي مجازي، راه اندازی مرکز داده های دانشگاه با ظرفیت نصب 300 دستگاه سرویس دهنده و با ظرفیت ذخیره سازی اطلاعات 100TB (یکصد ترابایت )، راه اندازی مرکز تخصصی آپا دانشگاه بعنوان اولین و تنها مرکز تخصصی امنیت در حوزه فضای سایبر استان، راه اندازی سرویس دهنده اینترنتی وبینار و وب کنفرانس، طراحی و پیاده سازی سامانه چند رسانه ای دانشگاه، طراحی و توسعه ابروایرلس جهت پوشش دپارتمان های دانشگاه و خوابگاه های دانشجویی، راه اندازی اولین لینک ارتباطی 10Gbps(ده گیگابایت بر ثانیه) دانشگاهی کشور، اتصال شبکه فیبر نوری دانشگاه به شبکه نوری زیر ساخت کشور، بازطراحی و پیاده سازی وب سایت جدید دانشگاه با آخرین فناوری های روز، افزایش پهنای باند اینترنت دانشگاه به 600Mbps و بزرگترين كتابخانه جنوب شرق كشور، كتابخانه ديجيتال و چندين مركز كامپيوتر، زيبا سازي اماكن مذهبي دانشگاه اشاره کرد.